Недалёкое будущее, где большая часть поверхности Земли затоплена из-за катастрофического изменения климата и подъёма уровня мирового океана. Города стоят на сваях, а люди живут на остатках суши или плавучих платформах. Нацуки Икаруга — парень, столкнувшийся с тяжёлыми жизненными обстоятельствами. Несколько лет назад в результате трагического инцидента он потерял мать и лишился одной ноги, используя протез.
Единственное, что у него осталось от прошлого — старый корабль и батискаф, а также огромные долги, которые он унаследовал от своей бабушки, профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться с долгами и выжить, Нацуки решает отправиться на поиски затонувшего здания, где работала его бабушка, ведь, по слухам, она хранила там драгоценности и ценные артефакты.
Однако вместо богатств и золота он находит капсулу со спящим внутри роботом-гуманоидом по имени Атри. После пробуждения Атри пообещала помогать Нацуки в его делах и выживании, как минимум до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, выданное её прошлой хозяйкой, бабушкой Нацуки. Начинается их совместное путешествие, полное открытий, опасностей и трогательных моментов, стирающих грань между человеком и машиной.
