Двадцатый полнометражный фильм начинается с визита Конана и его друзей в новый Токийский аквариум. Под колесом обозрения Конан замечает загадочную женщину с разноцветными глазами, которая находится в состоянии полной амнезии: она не помнит ни своего имени, ни прошлого. Пообещав помочь девушке вернуть воспоминания, Конан не подозревает, что она является шпионкой, связанной с Черной Организацией. Расследование быстро перерастает в опасную игру, где на кону стоят жизни многих людей, а злодеи готовы на всё, чтобы устранить свидетеля, обладающего критически важной информацией.