Прямое продолжение сериала, рассказывающее о событиях после переписывания вселенной Мадокой. Хомура Акэми живет в новом мире, где ведьмы не существуют, а магические девочки сражаются с «призраками» — воплощениями горя. Однако Хомура чувствует фальшь этого мира и помнит то, чего не должно существовать. Пытаясь защитить Мадоку от жестокой судьбы, на которую та себя обрекла, Хомура готова пойти на самый отчаянный шаг. Появление новой волшебницы Нагисы и раскрытие истинной природы этого искусственного рая приводят к финальной конфронтации, где любовь и одержимость сталкиваются, меняя баланс мироздания навсегда.