Жизнь обычной четырнадцатилетней школьницы Мадоки Канамэ переворачивается, когда она видит сон о таинственной девочке, сражающейся с монстрами в сюрреалистичном мире. На следующий день в класс переводится новая ученица Хомура Акэми, которая ведет себя странно и предупреждает Мадоку не менять свою судьбу. Вскоре Мадока и её подруга Саяка встречают существа Кюбэя, предлагающего исполнить любое желание в обмен на статус волшебницы и борьбу с ведьмами. Однако за фасадом сказки скрывается мрачная истина о цене магии, отчаянии и том, во что превращаются волшебницы, когда их надежды угасают.