После катастрофического Второго удара всё, что остаётся от Японии, — это укрепленный город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских таинственных существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами. Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом целых три года, получает от него холодный телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, секретной организации, противостоящей Ангелам любой ценой. Для борьбы с этими монстрами Nerv использует гигантских биороботов, называемых Евангелионами, которые могут пилотировать только дети определённого возраста. Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01, самого нестабильного и мощного юнита, и работа в команде с молчаливым пилотом Евы-00 Рей Аянами, чтобы защитить человечество от полного уничтожения, несмотря на собственные страхи и травмы.