Ангелы продолжают свои непрерывные и жестокие атаки на штаб-квартиру Nerv, угрожая существованию человечества. А в самой организации Nerv появляются два новых пилота: загадочная Мари Илластриэс Макинами, пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05, и вспыльчивая Аска Лэнгли Сикинами, пилот Евы-02, а позже и Евы-03, прибывшая из Германии. В то же время Гэндо Икари и тайный совет Seele приступают к реализации проекта совершенствования человечества, в котором критически задействованы Рей Аянами с Синдзи Икари и таинственный мальчик Каору Нагиса, появление которого изменит ход событий. Фильм предлагает альтернативный взгляд на события сериала с новыми битвами и развитием отношений между персонажами.