После Четвертого удара Синдзи, Аска и Рей, лишившиеся своих Евангелионов, находят убежище в одном из последних очагов человечества на разрушенной Земле. Каждый пытается жить обычной жизнью, далекой от битв пилотов. Однако угроза миру не исчезла: на горизонте маячит новый, истинно последний Удар. Проект совершенствования человечества запущен, и организация Wille должна вступить в финальный, изнурительный бой, чтобы предотвратить конец света и дать миру шанс на будущее.