После тяжелой победы над последним Ангелом, у секретной организации Nerv остался единственный и самый опасный враг — люди под тайным командованием древнего совета Seele. Впавшему в глубокую депрессию и ставшему нерешительным Синдзи Икари предстоит сделать самый важный выбор в своей жизни: полностью принять существование человечества со всеми его болями или отказаться от человеческой индивидуальности ради иллюзорного покоя. Параллельно с этим, командующий Nerv Гэндо Икари готовится инициировать собственный вариант проекта совершенствования человечества, используя Рей Аянами и пробужденную Лилит для реализации своей заветной мечты воссоединения с погибшей женой. Судьба всего мира висит на волоске, пока армии SEELE штурмуют штаб-квартиру, и приближается решающая финальная битва, которая изменит бытие. Этот фильм служит альтернативным и более полным финалом противоречивых последних эпизодов сериала «Евангелион нового поколения».