Прошло два года после предыдущих событий, и пути команды Ёродзуя временно разошлись: Гинтоки занят исследованием Альтаны, Кагура путешествует по космосу в поисках лекарства для Садахару, а Шинпачи пытается сохранить остатки их общего дома. Однако спокойствие обманчиво: остатки организации Тендошу, воспользовавшись хаосом, захватывают Центральный терминал и планируют вновь использовать силу Альтаны в своих целях. Наступает момент истины, когда друзьям предстоит в последний раз объединиться для защиты Эдо, чтобы исполнить заветное желание своего учителя Шоё Йошиды и гарантировать безопасное будущее для всех них.