Зимой Кён приходит в школу и обнаруживает, что реальность изменилась: Харухи Судзумия и бригада SOS никогда не существовали. Рёко Асакура жива и учится в классе, Микуру не знает Кёна, а Юки Нагато — обычная застенчивая девушка, единственный член литературного клуба. Мир стал скучным и предсказуемым, но Кён понимает, что что-то пошло не так. Ему предстоит найти причину изменений и решить сложнейшую дилемму: вернуть Харухи и её сверхспособности, рискуя стабильностью мира, или оставить всё как есть, наслаждаясь спокойной жизнью без чудес, но и без той искры, которую привносила Харухи.