В 22 веке человечество подверглось внезапному и жестокому нападению из космоса со стороны юпитерианских ящеров. И вот, год спустя, Акито, чудом переживший их нападение на земную колонию на Марсе и совершенно не имеющий понятия, как после оказался на Земле, подрабатывает простым поваром и безуспешно пытается разобраться в случившемся кошмаре. Но все меняет случайная встреча с подругой детства Юрикой, которая в свою очередь оказывается капитаном новейшего боевого корабля «Надэсико», построенного частной компанией «Нергал» с целью найти выход из сложившегося конфликта. Следуя за ней, Акито, в надежде найти ответы на свои вопросы, сам в итоге становится частью экипажа, состоящего сплошь из таких же чудаковатых персонажей, как и сама Юрика. Прорываясь с боем сквозь вражеские силы, «Надэсико» начинает свой долгий и опасный полет к Марсу. А там, кто знает, возможно, откроется и давняя тайна смерти родителей Акито.