Прошло тридцать пять лет с тех пор, как певица Линн Минмей смогла принести мир между людьми и расой зентради. Эти долгие годы понадобились человечеству, чтобы вновь обрести смелость выйти в открытый космос и отправиться в далёкие исследовательские экспедиции. Были построены и отправлены в разные уголки вселенной гигантские летающие крепости класса «Макросс». Одна из них, получившая название «Макросс 7», подверглась нападению неизвестных пришельцев. Однако враги не просто атаковали крепость, они похищали у людей «спиритию» — силу души, что приводило жертв к ослаблению и почти коматозному состоянию. Великий командир крепости, Максимилиан Джениус, отказывается сдаваться и вступает в бой за боем. Во время одной из таких атак Басара Нэкки, гитарист и солист группы Fire Bomber, врывается в самый эпицентр сражения и… начинает петь. Ведь только музыка обладает силой объединить сердца всех разумных существ. Сможет ли Басара выполнить эту миссию и спасти человечество так же, как когда-то это сделала Линн Минмей?