Человечество, будучи поставленным перед реальной угрозой полного уничтожения от рук инопланетных пришельцев — расы Зентреди, высылает огромные флоты колонизационных кораблей в глубокий космос с целью реализовать миссию по обеспечению собственного будущего и поиску новой планеты. В одном из таких гигантских флотов под названием «Макросс Фронтир» жизнь старшеклассника Саотомэ Альто навсегда меняется в одночасье, когда флот неожиданно атакуют неизвестные агрессивные существа, как раз в то время, когда он проводит рискованное показательное выступление на концерте чрезвычайно популярного поп-идола Шерил Ноум. Отряды пришельцев сеют разрушение и хаос среди гражданских судов; и у Альто, чтобы защитить Ранку Ли — молодую девушку-певицу, которую он встретил всего несколькими часами ранее, не остаётся иного выбора, кроме как занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита VF-25. Отметив его героические действия в ходе инцидента, элитная частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron» приглашает Альто присоединиться к их организации, в рядах которой он впоследствии и продолжит защищать как своих новых друзей, так и весь флот «Макросс Фронтир» от гибели.