После неприятного, травмирующего инцидента на выпускном вечере старшеклассники Дзёгоро Кобато и Юки Осанаи решают начать новую жизнь в старшей школе — тихую, незаметную и без лишнего внимания, став «маленькими гражданами». Они заключают негласный союз: быть обычными людьми, которые не высовываются, не лезут в дела других и держатся подальше от неприятностей и драм.
Но их стремление к спокойствию и серости то и дело рушится о реальность. Школьные интриги, странные происшествия и загадочные тайны будто сами находят их, притягиваемые их скрытыми талантами. И хотя Кобато старается оставаться в стороне и игнорировать проблемы, его острый ум, наблюдательность и дедуктивные способности невольно втягивают его в расследования, а Осанаи за своей сдержанностью и маской скромницы явно что-то скрывает, обладая навыками, несовместимыми с ролью «маленького гражданина».
