Кён — обыкновенный японский школьник, уже давно не верящий ни во что, выходящее за рамки привычного здравого смысла и логики. Однако, познакомившись с одноклассницей Судзумией Харухи, тот вскоре узнает шокирующую правду: существуют и пришельцы из будущего, и инопланетяне, и даже экстрасенсы — все они среди нас, да к тому же маскируются под рядовых школьников, чтобы наблюдать за ней! А началось всё с недовольства Харухи отсутствием в школе интересных клубов и скукой обыденности. Но ведь нет ничего проще, считает Кён, если нет нужного — сделай сам, о чём и заявляет Харухи, создавая клуб. Как оказалось, зря он пошутил. Отныне в школе появляется Бригада SOS — клуб по поиску и изучению паранормального, созданный по прихоти Харухи. Первым членом, помимо Харухи, становится, конечно же, Кён, на тот момент мечтающий уже только об одном — чтобы эта взбалмошная девчонка оставила его в покое и не втягивала в авантюры. Размещаться SOS будут в комнате литературного кружка, там всё равно сидит лишь молчаливая Юки Нагато, по совместительству инопланетянка-интерфейс. Но троих мало, надо найти ещё кого-нибудь, например… вот эту милую второклассницу с потрясающей фигурой. Четвёртым членом, пусть и не по своей воле, становится Микуру Асахина, путешественница во времени, которую Харухи использует как «маскот». Для полного комплекта не хватает лишь таинственного незнакомца, возникшего из ниоткуда и преследующего свои тайные цели. Лёгок на помине! Вскоре в школу переводится Ицки Коидзуми, он же — экстрасенс, посланный организацией наблюдать за Харухи. Теперь все в сборе, пора начинать поиски неведомого, хотя Харухи и не подозревает, что она сама является центром вселенной.