В будущем, где большая часть Японии ушла под воду, морские города соединены путями, которые охраняют экипажи боевых кораблей. Девушки из академии «Синие русалки» мечтают стать капитанами и защитить океан. Фильм рассказывает о новых угрозах, нависших над морскими путями, и испытаниях, с которыми столкнутся юные морячки. Им предстоит доказать свою готовность к службе, справиться с заговорами и защитить мирное небо (и воду) над своими городами в масштабном морском сражении.