«Ураганные хроники» продолжают эпическую историю о приключениях юного ниндзя Наруто Узумаки и его верных друзей. С начала серии проходит три года интенсивных тренировок, герои значительно взрослеют, набираются жизненного опыта и совершенствуют свои боевые навыки. Наруто наконец возвращается в родную Деревню Скрытой Листвы, и команда №7, ранее состоявшая из него, Саскэ и Сакуры, переформировывается. Место исчезнувшего Саскэ в ней занимает молодой и странный ниндзя по имени Сай, и вместе они берут название «Команда Какаши». Но безоблачная жизнь длится недолго. В Конохе вновь вспыхивают старые раздоры и интриги, оставшиеся ещё после первых Хокагэ. Лидер организации Акацуки мечтает о мировом господстве и сборе хвостатых зверей, а в Деревне Песка всплывают старые тайны о Гааре. Вскоре весь мир ниндзя ждут серьёзные испытания, масштабные войны и сильнейшие потрясения, которые изменят судьбу каждого.