Микото Мисака, одна из сильнейших эсперов пятого уровня в Академгородке, сталкивается с ужасающей истиной о своем прошлом. Выясняется, что её ДНК, собранная в детстве, была использована для создания армии клонов-«сестер». Эти копии выращивались с единственной целью — стать жертвами в жестоком эксперименте по возведению эспера шестого уровня. Микото, считавшая каждую копию своей родной сестрой, узнает о массовых убийствах своих двойников. Второй сезон рассказывает о тяжелых испытаниях, выпавших на долю Микото и её подруги Куроко, которые пытаются предотвратить дальнейшую бойню и спасти оставшихся clones.