Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою уникальную коллекцию редких существ. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия объединить свои силы в попытке исправить сложившееся положение. Сатоши и его друзья оказываются в центре конфликта и должны помочь восстановить гармонию стихий, прежде чем катастрофа станет необратимой для всего мира.