Действие фильма разворачивается спустя некоторое время после событий первого сезона «Приключений Дигимонов». «Избранные» дети живут обычной жизнью: учатся в школе, знакомятся с новыми людьми, ходят к друзьям и путешествуют, стараясь забыть о битвах в цифровом мире. Однако в один ничем не примечательный день в Интернете появляется странное яйцо дигимона, сплошь состоящее из компьютерных ошибок и вирусов. Заподозрив неладное, гениальный Косиро спешит к своему другу Таити, проясняя ситуацию и пытаясь изолировать угрозу. Тем временем вылупившийся дигимон начал стремительно съедать данные всей компьютерной сети, тем самым ломая многочисленные системы управления по всему миру, включая ядерные ракеты. Теперь «избранным» необходимо спасти не только Всемирную паутину, но и весь реальный мир от полнейшего хаоса и уничтожения, принесённого этим неизвестным, эволюционирующим существом, используя силу дружбы и связи со своими партнерами.