Спустя годы после первых приключений избранные дети выросли и стоят на пороге взрослой жизни. Тайчи и Ямато, теперь студенты, замечают, что их партнеры-дигимоны начинают вести себя странно. Появляется новый таинственный враг, который атакует людей, имеющих связь с дигимонами, и похищает их сознание. Героям предстоит раскрыть причину этих событий и понять жестокую правду: взросление и переход в мир взрослых неизбежно ведут к разлуке с дигимонами. Это последняя битва за право остаться вместе, где каждому придется принять самое трудное решение в своей жизни.