Прошло много лет после событий первого фильма и исчезновения Майора. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу по борьбе с киберпреступностью, но состав изменился. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой назначаются расследовать серию странных убийств, совершенных прототипами гиноидов (секс-роботов), которые самоуничтожаются сразу после преступления, оставляя лишь загадочные следы. Перед самоуничтожением один из таких гиноидов успел произнести фразу и попросил Бато о помощи, что становится ключом к разгадке. Расследование приводит их в мир нелегальных модификаций и детских солдат, ставя под вопрос саму природу человеческой души и невиновности в мире машин.