В будущем, не столь отдалённом от нас, человечество развилось до такого технологического уровня, когда стало возможным полностью заменить биологическое тело на механические кибернетические трансплантаты. Это позволило людям достичь невиданного совершенства как в физической силе, так и в возможностях подключения к сети, а также окончательно стёрло границу между миром людей и машин. Однако преступность тоже научилась использовать подобные технологии в полную силу, совершая новые и часто очень опасные виды преступлений, недоступные обычному расследованию. В качестве реакции на подобные прогрессивные методы правительство Японии учредило «Девятый отдел» — независимую полицейскую группу, назначение которой — разбираться с наиболее резонансными делами подобного толка. «Девятый отдел», находясь под руководством опытного Дайсукэ Арамаки и майора Мотоко Кусанаги, имеет дело с преступлениями самого различного социального спектра и обычно достигает успеха. Однако столкнувшись с новым гениальным хакером уровня А, известным под прозвищем «Смеющийся человек», команда вовлекается в опасную игру в кошки-мышки, идя по его следу, теряющемуся где-то в лабиринтах информационной сети Японии.