События разворачиваются в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, выполняя обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает тревожную информацию об инциденте, произошедшем на иностранном судне в международных водах. Аканэ и Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, торопятся на место события, однако по неизвестным причинам полномочия по расследованию передаются Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел, что вызывает подозрения.
На корабле тем временем обнаружена мертвой Доктор Милиция Стронская, выдающийся ученый, которую Ацуси пригласил на встречу в качестве почетного гостя. За инцидентом стоит таинственная организация «Нарушителей мира» (World Breakers), которую Исполнительный отдел преследовал на протяжении долгого времени. Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что инцидент вызван действиями «Нарушителей», которые нацелились на секретное исследование доктора Стронской, известное как «Документ Стронской», способное перевернуть представление о системе Сибилла.
Создается специальная команда для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований. Там они встречают Шинью Когами, бывшего беглеца и Энфорсера, ныне работающего независимо. При помощи Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской перед смертью, команда отправляется в закрытую зону Дэдзима для получения документа. Аканэ и Когами сталкиваются с unexpectedly крупным делом, связанным с «документом Стронской», который затрагивает самые основы общества.
Скрытая истина, способная потрясти японское правительство и саму систему «Сибилла» до основания, впервые будет раскрыта. Это нерассказанная история — важное связующее звено между фильмом «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и третьим сезоном сериала, раскрывающее прошлое Аканэ и Когами.
