Шидо Ицука узнаёт шокирующую правду от Куруми Токисаки о том, что он умирал уже сотни раз в различных временных линиях, а возвращался к жизни лишь благодаря её силе и жертвам. Ему удаётся раскрыть истинную, глобальную цель Куруми — убить первоначального духа, источник всех бед, и избавить мир от всех страданий, что принесли появления духов и Разломы.
Шидо считает, что часть его собственных, заблокированных воспоминаний может пролить свет на то, как он связан с тайной первоначального духа и почему он единственный, кто может запечатать духов.
В то же время, будто бы других проблем мало, корпорация Deus Ex Machina Industries (DEM) начинает глобальное, тотальное наступление на организацию «Рататоск» с неизменной целью — заполучить в своё распоряжение силы всех духов любой ценой, уничтожив Шидо. Начинается финальная битва за судьбу духов и человечества.
