Однажды маленький мальчик по имени Соскэ спасает застрявшую в банке золотую рыбку, назвав её Поньо. Заботясь о ней, он в какой-то момент замечает, что это не простая рыбка: множество странных магических вещей происходит, когда она рядом, и она быстро растёт. Загадка разрешается, как только за Поньо является её отец — могучий волшебник, живущий под водой в глубинах океана, и насильно возвращает её в морские глубины, запирая в доме. Поньо, томясь в заточении, страстно желает стать человеком, чтобы быть с Соскэ, что в итоге приводит к нарушению хрупкого природного баланса и вызывает на поверхности ужасное цунами, угрожающее жизни людей и затапливающее берег. И только мать Поньо, прекрасная морская богиня, способна восстановить равновесие природы, успокоить стихию и воплотить мечту Поньо в реальность, позволив ей выбрать свою судьбу.