Прошло десять лет после последней битвы с Гауна. Нагатэ Таникадзэ стал героем, а Цумуги Сирауи осознает свои чувства к нему. Однако мирное время иллюзорно: новая угроза нависает над кораблем-городом Сидония. Человечеству предстоит последняя решающая битва за выживание. Фильм сочетает масштабные космические сражения, технологические чудеса и личную драму героев, ставя точку в саге о борьбе человечества против инопланетного зла и поиске счастья среди звезд.