События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона, где Сосукэ спас Канамэ. Организация «Мифрил» узнаёт о существовании секретной террористической организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков) их боевых машин. Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера» — человека с особыми способностями, такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом в гонке вооружений. Когда миссия Сосукэ по защите Тидори временно отозвана «Мифрилом» из-за внутренних разногласий, всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места, и Канамэ оказывается в смертельной опасности, а Сосукэ должен нарушить приказ, чтобы спасти её.