Этот сериал является ремейком одноимённого аниме 2003 года, но он гораздо строже следует событиям и сюжетным поворотам, описанным в оригинальной манге. В этом мире существуют алхимики — люди, владеющие древним искусством трансмутации, способностью манипулировать материей и преобразовывать вещество в другие формы. Однако все они ограничены фундаментальным Законом алхимии: нельзя получить что-то, не пожертвовав чем-то равноценным. Лишь с помощью легендарного философского камня, секрет создания которого давно утерян, можно обойти этот неумолимый закон. Главные герои, братья Эдвард и Альфонс Элрики, в детстве совершили страшную ошибку, попытавшись вернуть к жизни свою умершую мать. Они забыли основной закон и жестоко поплатились: Альфонс потерял всё своё тело, а Эдвард — руку и ногу. Эдварду ценой собственной конечности удалось спасти лишь душу брата, запечатав её в старинных доспехах. Спустя годы Эдвард становится государственным алхимиком, получая прозвище «Стальной Алхимик». Братья отправляются в опасное путешествие, чтобы найти философский камень и с его помощью вернуть свои утраченные тела.