Второй сезон трогательной истории повествует о продолжении приключений доброго юноши Такаши Нацумэ, который с самого детства обладает редкой способностью видеть духов и ёкаев, и его телохранителя Мадары, прозванного Нянко-сэнсэем, принявшего облик толстого кота. Такаши продолжает своё благородное дело — возвращать духам их имена, освобождая их от оков «Тетради дружбы», которую он унаследовал от своей бабушки Рэйко. Он сталкивается с самыми разными духами: от добрых и благодарных до опасных демонов, помогает им решать их проблемы и часто попадает в ситуации, смертельно опасные как для него самого, так и для окружающих его людей. Через эти встречи Нацумэ учится понимать как мир духов, так и людей вокруг себя.