Жизнь Такаши Нацумэ по-прежнему наполнена общением как с людьми, так и с ёкаями. Случайная встреча со старым знакомым ёкаем Юки пробуждает в юноше болезненные воспоминания о прошлом. Однако общение с Йориэ Цумурой, старой подругой его бабушки Рэйко, помогает Нацумэ узнать много нового о семье и немного забыть о мучительных моментах истории. Спокойствие нарушает появление древнего ёкая: таинственное семя попадает в сад семьи Фудзивара и за одну ночь вырастает в огромное фруктовое дерево. После того как Нянко-сэнсэй съедает плод с этого дерева, его тело распадается на три отдельные сущности, и Нацумэ должен найти способ вернуть друга к нормальному состоянию, столкнувшись с силами прошлого.