Второй сезон приоткрывает завесу тайны над прошлым одного из ключевых героев — Осаму Дадзая, рассказывая о событиях до его вступления в «Вооружённое детективное агентство» и причинах этого решения. Параллельно развивается конфликт, заложенный в финале первого сезона: «Гильдия эсперов» под предводительством Фрэнсиса Фицджеральда начинает полномасштабное вторжение в Йокогаму. Их цель — захват власти любыми средствами, включая уничтожение города. Хрупкое равновесие между «Портовой мафией» и Детективным агентством нарушено, и на арену выходят новые тайные организации одарённых. Ацуси Накадзиме и его союзникам предстоит справиться с хаосом, найти новых друзей и противостоять врагам, желающим переделить весь криминальный мир.