Четвёртый сезон переносит зрителей в далекое прошлое, детально рассказывая историю создания легендарного «Вооружённого детективного агентства». Мы становимся свидетелями судьбоносной встречи двух первых членов организации: Юкити Фукудзавы, который тогда был лишь малоизвестным телохранителем и частным сыщиком, и совсем юного Рампо Эдогавы — одинокого парня, ещё не догадывающегося о масштабах своего дара к «супердедукции».

Судьба сводит героев во время расследования запутанного убийства. Рампо с поразительной лёгкостью вычисляет настоящего преступника, производя неизгладимое впечатление на Юкити. Видя безграничный потенциал мальчика, будущий глава агентства решает взять его под своё крыло.

В настоящем времени, после драматичных событий с участием Достоевского, гениальному сыщику предстоит сложнейшая миссия: вызволить из-под стражи Доппо Куникиду и полностью реабилитировать его имя. Единственный способ сделать это — вычислить и поймать члена таинственной организации «Крысы мёртвого дома», чья сверхспособность позволяет бесследно стирать любые улики с места преступления.