Анна Сасаки — замкнутая девочка-астматик без друзей, живущая с приемными родителями и находящая утешение в рисовании. Чтобы поправить здоровье, её отправляют в провинциальный городок к родственникам. Там внимание Анны привлекает заброшенный особняк на отмели, где она встречает загадочную девочку Марни. Между ними быстро завязывается крепкая дружба, но однажды Марни бесследно исчезает, а в дом въезжает новая семья. Анна начинает расследование, uncovering странные и неожиданные факты о своей новой подруге, которые тесно переплетаются с её собственной историей и тайнами прошлого.