Действие происходит в футуристическом мире, где кибернетические улучшения тела стали обыденностью. Майор Мотоко Кусанаги, полностью киборгизированный командир элитного подразделения общественной безопасности «Секция 9», расследует деятельность таинственного хакера известного как Кукловод. Преступник обладает уникальной способностью взламывать кибермозги людей, стирая их память и личность. Расследование приводит Майора к философским вопросам о природе сознания, души и том, что значит быть человеком в эпоху технологий.