Агенты Малдер и Скалли расследуют взрыв здания, который оказывается частью глобального заговора по созданию инопланетного вируса. Правительство скрывает существование пришельцев и планирует использовать вирус для порабощения или уничтожения человечества. Агенты путешествуют от Техаса до Антарктиды, раскрывая тайны секретных баз и встречаясь с представителями Синдиката. Им нужно предотвратить выпуск вируса и обнародовать правду, рискуя своими жизнями в гонке со временем.