Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Шкипера, Ковальски, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации